Выявлена способность «лямбда»-варианта COVID-19 скрываться от иммунитета
Фото: Hereward Holland / Reuters
Японские биологи обнаружили, что «лямбда»-вариант COVID-19, распространяющийся по ряду стран Южной Америки, имеет способность скрываться от иммунитета человека. Об этом сообщается в статье, опубликованной в bioRxiv.
«Нам удалось показать, что мутации, характерные для этой вариации SARS-CoV-2, защищают вирус от действия антител и делают при этом его более заразным», — сообщили ученые.
Группа молекулярных биологов под руководством доцента Токийского университета Кея Сато проследила за проникновением «лямбда»-варианта COVID-19 и других его новых вариаций в культуры клеток. В результате была раскрыта важная роль трех ключевых мутаций, которые характерны для нового варианта SARS-CoV-2.
Исследования показали, что «лямбда»-вариант коронавируса так же активно заражал клетки, как и различные вариации индийского штамма «дельта плюс», которые считаются на сегодняшний день одними из самых заразных форм инфекции.
Выяснилось, что повышенная заразность «лямдба»-варианта коронавируса связана с двумя мутациями — T76I и L452Q. Из-за их появления был изменен характер сцепления вируса с клеточным рецептором ACE2. Также исследователями было обнаружено, что менее активно происходило соединение частиц нового штамма SARS-CoV-2 с антителами вакцинированных пациентов.
В среднем для нейтрализации «лямдба»-варианта коронавирусной инфекции необходимо примерно в 1,5 раза больше антител, чем для борьбы с другими его мутациями. Эта особенность вируса объясняется удалением значительной части его генома, кодирующей так называемый NTD-домен. Так специалисты называют особый регион оболочки вируса, куда крепится S-белок, который отвечает за проникновение в клетку.
Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) ранее выявила распространение «лямбда»-варианта коронавируса более чем в 30 странах.
«Лямбда»-вариация SARS-CoV-2 (C.37) сейчас находится под особым наблюдением из-за нескольких заметных мутаций штамма, включая L452Q и F490S. Всемирная организация здравоохранения уже классифицировала «лямбда»-вариант как вариацию, требующую пристального наблюдения. В ВОЗ заявили, что мутации нового штамма COVID-19 более заразны и усиливают резистентность к антителам, хотя доказательств тому пока недостаточно, чтобы говорить об этом наверняка. В настоящее время министерство здравоохранения Великобритании проводит лабораторные испытания, чтобы лучше понять, как повлияли новые мутации на поведение вируса.
Так ли страшны новые штаммы? Ответы на самые важные вопросы о мутациях коронавируса
Появление новых штаммов коронавируса, имеющих необычные свойства, вызывают тревогу людей во всем мире. Руководитель научной группы разработки новых методов диагностики заболеваний человека Центрального научно-исследовательского института эпидемиологии Роспотребнадзора Камиль Хафизов рассказал о том, что сейчас известно о мутациях COVID-19 и нужно ли будет ежегодно от него прививаться, как мы это делаем в случае с гриппом.
— Сколько всего штаммов коронавируса выявлено на сегодняшний день в мире?
— В первую очередь стоит обратиться к определению штамма вируса как некоторого варианта патогена, который обладает уникальными и стабильными фенотипическими характеристиками. При этом стоит отметить, что вирусы, особенно РНК-содержащие, постоянно мутируют, перебирая разные варианты изменений в геноме, и даже внутри одного человека может содержаться множество версий одного вируса, отличающихся отдельными изменениями в геноме, которые далеко не всегда приводят к образованию нового штамма.
Варианты SARS-CoV-2 циркулируют во всем мире, и после появления некоторые варианты довольно быстро исчезают, другие, наоборот, закрепляются в популяции, процесс динамический. Сколько всего штаммов нового коронавируса существует в природе на данный момент, неизвестно, в том числе из-за размытости самого понятия и факта того, что свойства многих геновариантов вируса пока не изучены.
Так, популярный ресурс PANGO lineages выделяет значительное число отдельных линий патогена, и различные организации во всем мире изучают варианты вируса, чтобы понять, являются ли они более контагиозными, изменяющими тяжесть течения заболевания, детектируемыми доступными диагностическими тестами, отвечающими на терапию, изменяющими эффективность вакцин против COVID-19 и т.п. Потому куда чаще термин «штамм» используется для каких-то особо интересных вариантов патогена, как, например, британского или южноафриканского, которые характеризуются ключевыми изменениями в геноме и имеют важные (часто выгодные патогену) свойства. Так, было введено понятие VoC (от англ. Variants of Concern. — Прим. ред.) — «варианты, вызывающие беспокойство», к которым сейчас причисляют несколько штаммов, включая вышеперечисленные.
— Сколько из них есть в России?
— Строгого ответа нет. Какая-то доля всех штаммов коронавируса, которые распространяются на планете, есть уже и в России, какие-то будут завезены в будущем, какие-то появятся у нас в стране независимо. Ученые во многих лабораториях в мире и в нашей стране сейчас проводят активную работу по секвенированию геномов патогена из различных регионов, чтобы как можно быстрее выявлять новые варианты, мониторить скорость их распространения, устанавливать источники заносов из-за рубежа, определять свойства, корректировать тест-системы в случае необходимости. Из известных штаммов в РФ были выявлены британский, южноафриканский, индийский и несколько локальных.
— Какие штаммы коронавируса самые опасные и проникают внутрь всего организма, а какие — наоборот?
— Как уже говорил выше, само определение штамма подразумевает новые стойкие свойства патогена. Чаще всего приходится иметь дело либо с повышенной заразностью вируса (как, например, в случае с британским штаммом, который, по различным оценкам, примерно на 50% более заразен, чем другие, «старые» версии), либо же со снижением эффективности связывания с нейтрализующими антителами, возникшими после вакцинации или перенесенного ранее заболевания (так в случае с южноафриканским вариантом).
При этом сразу хотел бы отметить, что уменьшение эффективности вовсе не означает отсутствие защиты, но она может быть несколько снижена. В любом случае всячески выступаю за вакцинацию, которая если и не защитит на 100% от заболевания, то может кардинально снизить тяжесть его протекания.
— Какие штаммы наиболее всего распространены в Москве, какими больше всего болеют в России?
— За последнее время мы видим несколько сотен завозов британского штамма как по России, так и в Москве, что вполне ожидаемо ввиду его свойств. Появляются и некоторые локальные российские версии вируса, у которых встречаются мутации в геноме, характерные для британского и южноафриканского вариантов, но пока преждевременно говорить о том, что они действительно обладают какими-то особыми для людей свойствами. По этой же причине мы не хотели бы сейчас раздавать новые имена таким вариантам, по крайней мере до накопления достаточного объема данных.
— От всех ли штаммов болезнь длится одинаково или есть разница?
— В какой-то момент появилась информация, что пациенты с британским вариантом инфекции болеют тяжелее, и летальность в таких случаях выше. Это впоследствии было опровергнуто другими исследованиями, и с тех пор я не видел новой информации. Похожая информация появлялась и про калифорнийский вариант.
Нужно отметить, что тяжесть протекания заболевания зависит от множества факторов, и, как известно, многие вообще переносят болезнь бессимптомно, кто-то же крайне тяжело. Такие факторы, как наличие сопутствующих заболеваний, общее состояние организма, возраст, играют существенно большую роль в развитии тяжелой болезни, чем наличие мутаций в геноме патогена, по крайней мере известных на данный момент.
— Может ли бы такое, что к одному штамму коронавируса у человека есть иммунитет, а к другому нет?
— Перенесенная ранее коронавирусная инфекция или вакцинация в норме вызывают иммунный ответ, и в результате в организме появляются нейтрализующие антитела, хотя защита обусловлена не только ими, потому не стоит пугаться, даже если уровень антител невысок или падает. Но да, мы уже знаем, что ряд мутаций в геноме нового коронавируса приводит к изменениям в структуре его белков, придавая патогену новые свойства, иногда удачные для патогена, в том числе с точки зрения снижения связывания нейтрализующими антителами. Потому точно ответить, что к одному штамму у человека есть иммунитет, а к другому нет, нельзя, но эффективность защиты может быть разной, в зависимости от того, с каким новым вариантом вируса вновь встретился пациент.
В связи с этим достаточно вероятна ситуация, что вакцины против нового коронавируса придется периодически обновлять и иммунизироваться ежегодно, как это сейчас происходит с тем же вирусом гриппа. Думаю, к осени мы накопим достаточное количество данных по эффективности существующих вакцин против новых штаммов. Потому еще раз говорю: на данный момент известных причин избегать вакцинации нет, если только нет прямых противопоказаний по состоянию здоровья.
В ритме штамма: что известно о «Лямбда»-варианте коронавируса
Высокопатогенный «Лямбда»-штамм коронавируса уже выявили в Аргентине, Чили, Австралии, Бразилии, Эквадоре, Германии, Испании, Великобритании и США. Впервые этот вариант SARS-CoV-2 обнаружили перуанские ученые в августе 2020 года. С тех пор он значительно распространился по Южной Америке. Ученые из этого региона пишут, что критическая ситуация в системе здравоохранения и рост смертности связаны с растущей распространенностью именно варианта «Лямбда». У этого штамма есть мутации в шипе коронавируса, которые обычно связывают с более эффективным проникновением в клетки и способностью «уходить» от антител.
Латиноамериканский мотив
В Россию недавно проникли штаммы коронавируса «Дельта» и «Дельта плюс», которые специалисты оценили как более патогенные: для заражения COVID-19 нужно меньшее количество вирусных частиц. Такие варианты могли появиться только в месте, где много зараженных, то есть вирус способен пройти эволюционный отбор на большом количестве болеющих людей. Такая ситуация наблюдается в Индии, которая сейчас на втором месте в мире по числу инфицированных.
Есть еще один огромный резервуар, где вирус может эффективно эволюционировать, — Бразилия (на третьем месте по количеству зараженных) и другие страны Латинской Америки: Аргентина (8-е место), Колумбия (10-е), Перу (18-е), Чили (22-е). В этом регионе возник штамм «Лямбда». ВОЗ присвоила такое название этому варианту коронавируса 15 июня. Организация обозначила этот штамм как Variants of Interest (VOI) — вызывающий интерес. Вскоре ВОЗ может переквалифицировать его в вызывающий беспокойство (Variant of Concern, VOC), считают специалисты диагностической лаборатории SARS-CoV-2 клинической больницы Порту-Алегри (Риу-Гранди-ду-Сул, Бразилия). Об этом ученые написали в научной статье «Первое выявление варианта SARS-CoV-2 Lambda (C.37) в южной части Бразилии».
Сейчас этот штамм обнаружен уже в 26 странах мира, в том числе в Аргентине, Чили, Австралии, Бразилии, Эквадоре, Германии, Испании, Великобритании и США. Это подтверждается и в статье перуанских ученых. Аргентинские ученые обращают внимание на абсолютную уникальность «Лямбды»: «Сочетание мутаций, характерных для вариантов «Бета» (южноафриканский штамм) и «Дельта» (индийский штамм), не обнаружено».
Бразильские генетики обратили внимание на новую мутацию S-белка в этом варианте: Δ246-252. Ее опасность пока не оценена. Перуанские ученые также выражают беспокойство по поводу этой мутации. Они написали, что другие мутации в белке-шипе коронавируса связаны с распространенными инфекциями у пациентов с подавленным иммунитетом.
— Пока не представляется возможным сказать, к каким именно изменениям приведет эта мутация, — сказал «Известиям» руководитель лаборатории геномной инженерии МФТИ Павел Волчков. — Но любая мутация в RBD-домене (рецептор-связывающий домен, который отвечает за соединение коронавируса с клеткой организма человека. — «Известия») обычно приводит к улучшению возможности проникновения в клетку и ускользания от антител. Но это еще требуется доказать с помощью дополнительных экспериментов.
Вооружен и очень опасен
Бразильские специалисты обратили внимание на способность «Лямбда»-штамма к более быстрому распространению и пониженной чувствительности к нейтрализации антителами. Это может значительно повлиять на эффективность стратегий борьбы с пандемией COVID-19, написали они.
Аргентинские специалисты описали ситуацию, когда у них на глазах андский вариант (как они называют «Лямбда»-коронавирус) начал побеждать британский.
«На данный момент из в общей сложности 2238 образцов, проанализированных посредством активного наблюдения с помощью секвенирования Spike или всего генома, наиболее обнаруженными вариантами были линия C.37 (андский вариант)», — сообщили ученые.
У штамма «Лямбда» множество мутаций, сказал «Известиям» профессор кафедры геномики и биоинформатики СФУ, профессор Геттингенского университета Константин Крутовский.
— Для нового варианта «Лямбда» характерна делеция в гене ORF1a — Δ3675-3677, приводящая к выпадению трех аминокислот. Этот ген кодирует несколько важных для вируса белков. Эта делеция присутствует также в «Альфа» (британский вариант), «Дельта» (южно-африканский) и «Гамма» (другой бразильский) штаммах с повышенной инфекционностью и классифицируемых ВОЗ как варианты, вызывающие озабоченность.
По словам Константина Крутовского, у штамма «Лямбда» есть новая делеция Δ246-252, приводящая к выпадению семи аминокислот, и множественные значимые мутации в гене шипа. Последние вызывают замены аминокислот в шиповидном белке, ответственном за связывание вируса с рецепторами на поверхности клеток человека. Это в дополнение к 19 другим мутациям, подчеркнул эксперт. Изменения L452Q и F490S находятся в самом важном районе шиповидного белка — рецептор-связывающем домене (RBD). Кроме того, было показано, что мутация F490S связана с пониженной чувствительностью к нейтрализации антител.
Но пока неизвестно, является ли вариант «Лямбда» более инфекционным или патогенным, чем другие штаммы, и способен ли он избегать действия доступных вакцин, отметил Константин Крутовский.
— «Лямбды» можно было бы опасаться, если бы не «Дельта». Их противоборство можно было бы увидеть, если есть страны, где представлен и тот, и другой вариант SARS-CoV-2. Судя по базе, эти штаммы встречаются в некоторых европейских странах. Но, если судить по тому, насколько быстро сейчас распространяется вариант «Дельта», он посильней, — высказал мнение Павел Волчков.
Все-таки лидером по производству новых штаммов остается Индия, хотя страны Южной Америки вполне могут с ней поконкурировать, заключил эксперт.
Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) выделила шестой штамм коронавируса SARS-CoV-2, назвав его «лямбда». Он особенно распространён в Южной Америке и впервые был идентифицирован в прошлом году в Перу.
Новый штамм коронавируса SARS-CoV-2
Согласно Euronews, «лямбда» была обнаружена как минимум в 27 странах. На данный момент специалисты ВОЗ отнесли лямбда-версию к «вызывающей интерес», а это значит, что пока нет повода для особенного беспокойства.
Данные, опубликованные Панамериканской организацией здравоохранения (ПАОЗ), показывают, что вариант лямбда был обнаружен в Перу в 82% лабораторных проб, зарегистрированных в мае и июне. Региональный советник ПАОЗ по новым вирусным заболеваниям Хайро Мендес заявил в конце июня, что штамм вируса был обнаружен в восьми странах Латинской Америки и Карибского бассейна, но «спорадически» присутствовал в большинстве стран региона.
Что говорят перуанские учёные о штамме лямбда
В Перу утверждают, что вариант лямбда (C.37) был впервые зарегистрирован в Лиме в декабре 2020 года, а с апреля этого года почти все коронавирусные инфекции в стране вызваны им. Вариант лямбда, или андский штамм, имеет критические мутации в спайковом (S) белке, пишет gestion.pe.
С увеличением заражений «лямбдой» другие штаммы SARS-CoV-2 со временем снижали своё присутствие. За последние четыре месяца вариант альфа составлял 0,5% заражений населения Перу, а вариант гамма — 1,2%.
Как поясняют авторы исследования, опубликованном в medRxiv:
«Распространение C.37 произошло в Южной Америке в присутствии сотен циркулирующих штаммов и альфа- и гамма-летучих органических соединений, что предполагает более высокую трансмиссивность этого штамма. Однако необходимы дополнительные эпидемиологические данные и анализ для оценки его передачи, вирулентности и свойств ускользания иммунитета».
Лямбда-вариант завоёвывает мир
В Чили и Аргентине наблюдается рост случаев COVID-19, связанных с лямбда-вариантом. По состоянию на апрель 2021 года этот штамм составлял 33% геномных последовательностей коронавируса в Чили и 12% геномных последовательностей коронавируса в Аргентине.
В Бразилии вариант лямбда был обнаружен в феврале прошлого года в Сан-Паулу. Специалисты Клинической больницы Порту-Алегри обнаружили восемь определяющих мутаций этого варианта в дополнение к 19 мутациям, уже описанным для других членов этой линии.
2 июля власти Великобритании сообщили, что подтверждено восемь случаев заражения «лямбдой», все в Англии. Эти пациенты часто выезжали за границу. По словам британцев, этот вариант имеет «потенциально повышенную трансмиссивность или возможную повышенную устойчивость к нейтрализующим антителам».
В испанском автономном сообществе Кантабрия недавно подтвердили три случая инфицирования лямбда-вариантом и изучают ещё 180 возможных эпизодов.
Более заразный
Вариант лямбда в упомянутом исследовании перуанцев проявил себя как более заразный вариант, чем альфа и гамма.
Исследователи использовали образцы плазмы от медицинских работников из Сантьяго, Чили, которые получили две дозы вакцины Sinovac COVID-19, чтобы сравнить эффективность вакцины против нового варианта по сравнению с тем, как она отреагировала на самые старые штаммы.
Они пришли к выводу, что мутации, присутствующие в спайковом белке варианта лямбда, значительно снижают эффективность вакцины по сравнению с вариантами альфа и гамма, хотя сравнения между вариантами лямбда и дельта не проводилось.
Симптомы «лямбда-ковида»
На данный момент выявленные симптомы варианта лямбда не отличаются от большинства других линий, вызывающих COVID-19. Среди них:
ВОЗ решила не обозначать разные штаммы COVID-19 названиями стран, где их обнаружили в первый раз. С этого момента учёные будут использовать буквы греческого алфавита…
В настоящий момент мир, в том числе и Россия, ведёт борьбу с вариантом дельта, который, по мнению специалистов ВОЗ, будет доминировать до августа.
Вариант дельта — самый заразный из обнаруженных до сих пор штаммов, с большей «способностью» цепляться и проникать в клетки, что определяет больший потенциал для возникновения эпидемий. Специалисты отмечают, что для обеспечения глобального иммунитета необходимо вакцинировать 70% населения.
Читайте по теме:
Добавьте «Правду.Ру» в свои источники в Яндекс.Новости или News.Google, либо Яндекс.Дзен
Быстрые новости в Telegram-канале Правды.Ру. Не забудьте подписаться, чтоб быть в курсе событий.
Новый штамм коронавируса Лямбда напугал повышенной смертностью
Страны Латинской Америки стали новым «котлом» для COVID-19
Похоже, буквы греческого алфавита кончатся быстрее, чем новые выявляемые штаммы коронавируса. Не успели мы опомниться от нашествия Дельты, как в нескольких уголках земного шара уже появилась линия Лямбда. И если в начале пандемии все ждали, что со временем вирус будет становиться более заразным, при этом одновременно снижая свою агрессивность и способность к причинению тяжкого вреда, теперь эксперты оценивают ситуацию более скептически. Так, линия Дельта (индус), по наблюдениям врачей, все чаще приводит в реанимации молодых. Что ждать от Лямбды (перуанец), пока не очень ясно, но эксперты настроены пессимистически.
Фото: Наталия Губернаторова
Вариант Лямбда C.37, названный перуанским, стремительно распространяется по миру. По данным ВОЗ, он выявлен уже в нескольких странах. В Перу, где Лямбду впервые обнаружили в августе, на него теперь приходится 82% новых случаев заражения. Для сравнения: в декабре здесь было выявлено всего 200 случаев Лямбды. В Чили он составляет уже треть всех заражений. Он также быстро распространяется в Аргентине, Бразилии, Колумбии, Эквадоре и Мексике.
И хотя пока вирусологи не видят никаких признаков того, что вариант Лямбда более агрессивен, но вирусологи уже называют его более заразным по сравнению с его предком из Уханя. По данным ВОЗ, пока нет достаточно надежных данных, чтобы сравнивать его с линиями Гамма или Дельта. Тем временем Альфа (B.1.1.7), Бета (B.1.351), Дельта (B.1.617.2) и Гамма (P.1) уже признаны ВОЗ «вариантами, вызывающими беспокойство». Они не только легче передаются, они еще и труднее поддаются лечению и могут привести к более серьезным последствиями для здоровья. «Вполне вероятно, что SARS-CoV-2 станет более трансмиссивным в ходе своей эволюции, но не обязательно более вредным для хозяина», — считает вирусолог Всемирной организации здравоохранения, доктор Мендес-Рико.
Все это наводит на тревожные мысли. Если изначально все ждали повторения пандемии испанки, в ходе которой вирус постепенно терял свою вирулентность (злобность), то сегодня становится все яснее, что с «короной» этого не происходит. И если год назад все надеялись на достижение коллективного иммунитета при достижении 70% популяции с антителами, то сегодня уже говорят о том, что пандемия коронавируса не закончится до тех пор, пока не будет вакцинировано не менее 80% населения мира. Варианты, подобные Лямбде, так и будут появляться до тех пор, пока это не будет достигнуто. И греческий алфавит их не остановит.
Особенно тревожит то, что Перу, где Лямбда заполонила собою все, один из самых высоких уровней смертности от коронавируса в мире: здесь пандемия унесла уже 187 тысяч жизней. Вирусологи предполагают, что страны Латинской Америки в скором времени станут главным котлом, где будут воспроизводиться новые линии и штаммы. Сегодня эксперты отмечают, что сочетание перегруженных систем здравоохранения, населения, работающего на нестабильной работе, не имеющего возможности соблюдать меры предосторожности, и отсутствия вакцин оказалось идеальной питательной средой для разновидности Лямбда.
И все же Лямбду обнаружили уже и во вполне благополучной Великобритании, а ее приход в Россию не за горами. Нельзя даже исключать, что он уже состоялся. Российский иммунолог Владислав Жемчугов назвал эту линию наиболее «злой» из всех выявленных мутаций SARS-CoV-2. По его словам, он более приспособлен, более устойчив, более заразен, более способен распространяться по миру. Поэтому он будет быстрее заражать тех, кто еще не переболел и не вакцинировался. Новaя конструкция дает этому коронaвирусу преимущество в размножении. Он начинает распространяться и вытеснять предыдущие.
Впрочем, и от Дельты у нас уже много проблем. Заведующий реанимацией ГКБ №52 Сергей Царенко заявил, что в последнее время ковид помолодел и протекает тяжелее. Врачи ковидариев отмечают, что в реанимации попадает все больше молодых людей, у которых никто не мог предположить тяжелого течения заболевания. Например, много спортсменов в возрасте до 30 лет. Некоторые медики осторожно предполагают, что агрессивное течение болезни могло спровоцировать употребление ими стероидных гормонов.
Есть версии, что коронавирус может достигнуть контагиозности кори и стать опасной детской болезнью. Как считает популяризатор науки Надежда Кудрявцева, нельзя исключать, что случаи детской заболеваемости будут все более тяжелыми: «То, что вирус будет поражать детей серьезно, — это, увы, возможно. Вирус кори, которую называют «детской чумой», происходит от вируса чумы крупного рогатого скота. Значит, первыми зараженными много столетий или тысячелетий назад, скорее всего, были взрослые, пастухи и доярки».
Вирусологи все менее охотно берутся делать прогнозы дальнейшего развития событий. Но уверены в одном: после ковида мир будет восстанавливаться, как после войны.